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中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院煙草所開發(fā)出一款遺傳圖譜在線工具——MG2C

2021年12月17日 來源:中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院煙草研究所網(wǎng)站 作者:晁江濤
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近日,中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院煙草所煙草功能基因組創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)開發(fā)出一款簡單易用的遺傳圖譜在線畫圖工具——MG2C,相關(guān)研究成果發(fā)表在《分子園藝(Molecular Horticulture)》上。

  遺傳圖譜可直觀展示分子標(biāo)記在染色體或基因組上的相對(duì)位置,不僅有助于基因功能定位與分析,也是組裝基因組大片段的一大利器。目前常見的可用于繪制遺傳圖譜的工具M(jìn)apChart、JoinMap等多為單機(jī)版,用戶使用時(shí)一般需要編寫代碼,這對(duì)無任何編程基礎(chǔ)的科研人員存在困難。

  該團(tuán)隊(duì)開發(fā)了一款在線繪圖工具——MG2C,用戶使用時(shí),只需參考EXCEL數(shù)據(jù)模板,準(zhǔn)備好基因位置、染色體長度等信息后,直接復(fù)制到對(duì)應(yīng)的文本框中,點(diǎn)擊“DRAW”即可得到結(jié)果,同時(shí)提供JPG/PNG/TIFF/SVG多種格式文件下載。MG2C提供了8類33個(gè)屬性參數(shù),用戶可根據(jù)需求自行調(diào)整參數(shù)。訪問時(shí)建議使用谷歌、火狐、IE等支持SVG的瀏覽器。

  中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院煙草研究所晁江濤助理研究員和李志遠(yuǎn)博士為論文共同第一作者,劉貫山研究員、王倩副研究員和晁江濤助理研究員為共同通訊作者。該研究得到了中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院煙草研究所青年基金項(xiàng)目、中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院科技創(chuàng)新工程和中國煙草基因組計(jì)劃項(xiàng)目的共同資助。

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