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中國農業(yè)科學院煙草所開發(fā)出一款遺傳圖譜在線工具——MG2C

2021年12月17日 來源:中國農業(yè)科學院煙草研究所網站 作者:晁江濤
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近日,中國農業(yè)科學院煙草所煙草功能基因組創(chuàng)新團隊開發(fā)出一款簡單易用的遺傳圖譜在線畫圖工具——MG2C,相關研究成果發(fā)表在《分子園藝(Molecular Horticulture)》上。

  遺傳圖譜可直觀展示分子標記在染色體或基因組上的相對位置,不僅有助于基因功能定位與分析,也是組裝基因組大片段的一大利器。目前常見的可用于繪制遺傳圖譜的工具MapChart、JoinMap等多為單機版,用戶使用時一般需要編寫代碼,這對無任何編程基礎的科研人員存在困難。

  該團隊開發(fā)了一款在線繪圖工具——MG2C,用戶使用時,只需參考EXCEL數據模板,準備好基因位置、染色體長度等信息后,直接復制到對應的文本框中,點擊“DRAW”即可得到結果,同時提供JPG/PNG/TIFF/SVG多種格式文件下載。MG2C提供了8類33個屬性參數,用戶可根據需求自行調整參數。訪問時建議使用谷歌、火狐、IE等支持SVG的瀏覽器。

  中國農業(yè)科學院煙草研究所晁江濤助理研究員和李志遠博士為論文共同第一作者,劉貫山研究員、王倩副研究員和晁江濤助理研究員為共同通訊作者。該研究得到了中國農業(yè)科學院煙草研究所青年基金項目、中國農業(yè)科學院科技創(chuàng)新工程和中國煙草基因組計劃項目的共同資助。

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